Im Jahr 1553 wurde die Marienkapelle aus dem der Stadt gehörendem Taucherwald bei Uhyst nach Bautzen an den heutigen Standort der Taucherkirche umgesetzt. Im Jahr 1587 erfolgte der Anbau eines Hospitals an die Kirche. Durch den Ratsbaumeister Wenzel Röhrscheidt wurde in den Jahren 1598/99 nach Sturmschäden die Kirche neu erbaut. Nach erheblichen Beschädigungen wurde die Kirche in den Jahren 1620 bis 1639 wieder aufgebaut und im Jahr 1627 mit ihrem bemerkenswert schiefen Dachstuhl versehen.
Der Dachreiter stammt aus dem Jahr 1662. In den Jahren 1778 bis 1859 wurde die Kirche mehrmals beschädigt und umgebaut, sowie im Jahr 1899 das Hospital abgebrochen. Nach dem Jahr 1917 erfolgte eine grundlegende Erneuerung der Kirche, die 1926 abgeschlossen wurde. Nach dem 2. Weltkrieg erfolgte 1954 eine Überholung der Orgel durch die Firma Eule Orgelbau sowie eine Renovierung des Kircheninnenraumes.
Gottesdienste und Taufen fanden zunächst nur noch selten und dann seit 1982–1988 nicht mehr statt. Über mehrere Jahre war die Kirche dann Baustofflager für den Neubau des Gemeindezentrums im Gesundbrunnen.
Am 25.05.1997 gründete sich die Stiftung Taucherkirche, die sich zur wesentlichen Aufgabe den baulichen Erhalt der über 400jährigen Kirche gemacht hat. Mit großer Unterstützung vieler Spender ist es in den darauffolgenden Jahren gelungen, die Kirche mitsamt ihrer Ausstattung zu bewahren und zu restaurieren.
Die Taucherkirche dient als Gottesdienstraum für christliche Trauerfeiern. Zwischen Ostern und dem Reformationsfest finden am Sonntag um 18 Uhr die Abendgottesdienste in der Taucherkirche statt.
Der Friedhof wurde 1523 eingeweiht, erhielt 1630 seine erste Einfriedung. In den Jahren 1598–1899 wurde er mehrmals erweitert und 1885 eine Leichenhalle gebaut. Bemerkenswert sind die barocke Grufthausstraße (18. Jh.) sowie zahlreiche Grabdenkmale (17.–19. Jh.). Die Franksche Gruft, ein zweistöckiger quadratischer Bau von 1745, stammt von F. G. Francke, der ihn für sich und zum Andenken für seine Frauen und ein Kind hat bauen lassen.
Die Opfer der Kämpfe um Bautzen von 1945 sind in schlichten Massengräbern im Ostteil des Friedhofes beigesetzt.